Στο πλαίσιο της φυσικής αγωγής οι μαθητές του ΕΕΕΕΚ συμμετέχουν σε διάφορα ομαδικά αθλήματα όπως πετοσφαίριση, καλαθοσφαίριση και ποδόσφαιρο. Επιπρόσθετα οι μαθητές εμπλέκονται σε ειδικά οργανωμένες δραστηριότητες καλλιέργειας κινητικών δεξιοτητων όπως συντονισμός, ισορροπία και ευκινησία, με απώτερο σκοπό την ακόμα πιο διευρυμένη ικανότητα για συναρμογή κινήσεων.
